巴南区行政区划，于2001年7月，经区人民政府研究决定，并报重庆市人民政府批准，对乡镇建制进行了调整。2001年12月，又调整了部分镇街村级建制。乡镇和镇街村级建制调整后，全区由原来的41个乡镇2个街道办事处调整为现在的花溪镇、南泉镇、界石镇、南彭镇、惠民镇、木洞镇、双河口镇、麻柳嘴镇、丰盛镇、二圣镇、东泉镇、姜家镇、天星寺镇、接龙镇、石滩镇、石龙镇、一品镇、跳石镇、安澜镇19个镇和鱼洞、李家沱两个街道办事处。截止2006年底，全区有206个村、77个社区居委会。