巴南区的前身是具有2300多年历史的巴县。

　　巴县是全国建县最早的地区之一，并历为郡、州、府、路附廓大县。周慎觐王五年(公元前316年)，秦灭巴国，周赧王元年(公元前314年)置江州县，属巴郡。南齐永明五年(公元487年)，析江州县地置垫江县，江州县治徙僰溪口，以其故治为垫江县治。北周武成三年(公元561年)省垫江、枳两县地置巴县，以垫江县故治为巴县治。

　　巴县初置属楚州巴郡。隋开皇三年(公元583年)废郡实行州县两级制，并改楚州为渝州，巴县属渝州。北宋崇宁元年(1102年)改渝州为恭州，巴县属恭州。南宋淳熙十六年(1189年)，升恭州为重庆府，巴县属重庆府，府治巴县。元至元十五年(1278年)置重庆路，巴县属重庆路。明洪武四年(1376年)改重庆路为重庆府，巴县属重庆府。自此，巴县与重庆府的隶属关系直至清末。

　　民国元年(1912年)改巴县为重庆府。次年废重庆府恢复巴县，属川东道。民国17年(1928年)撤四川各道恢复四川省，巴县隶属于省。民国24年(1935年)四川省划设18个行政监察区，巴县属第三行政监察区。

　　1949年四川解放后，巴县属川东区璧山专区。1951年1月属重庆市。1953年2月属江津专区。1958年11月复属重庆市。

　　1994年12月，经国务院批准，撤销巴县建立巴南区。将原巴县所辖长江以北的全部境域和长江以南的长生桥、迎龙、广阳三镇划入沙坪坝区、九龙坡区、大渡口区和南岸区；划入九龙坡区所属长江南岸的地区(二塘村除外)遂成今之巴南区域。新建立的巴南区幅员面积为1825平方公里，时辖29个镇、12个乡、2个街道办事处。2001年12月，调整了部分镇街村级建制，全区共19个镇和2个街道办事处。